مرقد مطهر امیرالمومنین ع در دوران حکومت سیاه بنی امیه به دلیل امکان جسارت آنان مخفی بوده و بجز فرزندان آن حضرت و برخی خواص از شیعیان از محل آن اطلاعی نداشت، تا آن که پس از سقوط امویان، با راهنمائی امام صادق ع در سال 146 هجری، مرقد آن حضرت بر همگان معرفی و آشکار گردید ( صراط الهدایه، حسین باقری، نشر بنیان قرآن و عترت، سال 84 ش، ص 33).

بقعه و آستان نورانی امام علی ع تا کنون بارها ساخته شده و مورد بازسازی و توسعه قرار گرفته است. بنای مرکزی فعلی بارگاه آن حضرت از آثار دوره شاه صفی صفوی است که همچنان نگهداری شده و محفوظ مانده است.در ضریح نورانی حضرت امیرالمومنین ع پیکر پاک دو تن از پیامبران بزرگ الهی، حضرت آدم ابوالبشر ع و حضرت نوح ع نیز مدفون هستند که مورد زیارت زائران مشتاق قرار می گیرند( بحارالانوار 97/ 258 ).

معماری بقعه رفیع حضرت امیرالمومنین ع به گونه ای طراحی و ساخته شده است  که در سپیده دم، تابستان یا زمستان، اولین اشعه آفتاب بر ضریح مطهر میتابد و همچنین آفتاب ظهر چون بر بنای حرم بتابد سایه آن بر نقطه معینی از حرم تابیده و وقوع ظهر شرعی را اعلام میدارد.

در صحن مطهر و اطراف آن بسیاری از بزرگان ، امرا، شاهان  و دانشمندان بنام مدفون گردیده اند؛ که از آن جمله میتوان این اسامی را نام برد: عضدالدوله دیلمی، شاه عباس صفوی، سلطان محمد قاجار، تیمور لنگ، مظفرالدین شاه، علامه حلی، مقدس اردبیلی و شیخ مرتضی انصاری.

صحن داراى چهار دروازه اصلى است بزرگترین آنها در سمت شرق واقع شده و به «باب الذَّهب» شهرت دارد. دومین دروازه در سمت شمال قرار گرفته و به «باب الطوسى» معروف است. سومین دروازه در جنوب است به نام «باب قبله» و چهارمین آن در سمت غرب واقع شده و به «باب سلطانى» مشهور است.

حرم مطهر، داراى برخى بیوتات ضمیمه است که عبارتند از:الف ـ مسجد عمران بن شاهین، که در دالان منتهى به باب الطوسى قرار گرفته است. این مسجد کهن، از بناهاى عمران بن شاهین، حاکم جنوب عراق در نیمه قرن چهارم هجرى است.ب ـ مسجد خضراء، در زاویه شمال شرقى صحن است که داراى تاریخ کهن مى باشد. این مسجد در سال 1385 هـ . به طرز زیبایى بازسازى گردید و دهها سال یکى از مراکز اصلى تدریس در حوزه علمیه نجف بشمار مى رفت.ج ـ تکیه بَکتاشیها، این تکیه در دوره حاکمیت عثمانیان بر عراق ساخته شده و محل تجمع و برگزارى مراسم صوفیان بکتاشى تُرک بوده است. ساختمان این تکیه که امروزه به انبار آستانه تبدیل شده در شمال غرب صحن واقع است.د ـ مسجد بالاسر، در دالان سمت غربى صحن قرار گرفته و در محراب آن قطعاتى از کاشیهاى خشتى متعلق به قرن ششم هجرى به چشم مى خورد.